Тринадцать веков назад, фэл'Си (fal'Cie), сверхъестественные, сформированные с помощью кристаллов существа, создали дрейфующий, утопический континент в атмосфере планеты известной как Пульс (Pulse). Фэл'Си пожелали, что континент был полностью изолирован от грубой и жестокой пустыни известной как Гран Пульс (Gran Pulse), и поручил машинам охранять граждан. Барьеры впоследствии были созданы по всему континенту, и таки образом появилась метрополия, получившая подобающее название: Кокон (Cocoon).
Прожив изолированными от внешнего мира в течение многих лет, граждане Кокона теперь обеспокоены тем, что же Гран Пульс действительно из себя представляет. Недавние контакты с жителями "нижнего мира" заставили людей задаваться вопросом об их образе жизни. В настоящее время глуши Пульса отрицательно влияют на людей и Святое Правительство (Sanctum) Кокона приняло решение изолировать всех людей, попавших под это влияние.
Именно из-за приказа провести Очистку (Purge), в родном городе главных героев Лайтнин, Серы и Сноу, городе Бодэм (Bodhum) и начинается игра.
Впоследствии, став ле'Си и объединившись в команду, главные герои доказывают, что не являются игрушками в руках высших существ, что сами творят свою судьбу.